از شایع ترین ناهنجاریهای مادرزادی مری ، آترزی مری ( esophageal atresia ) و فیستول نای به مری ( TEF ) می باشد ، از هر 3500 تولد در یک مورد دیده می شود.

به نظر می رسد کمبود اکسیژن ( anoxia ) در درون عروق مری می تواند منجر به نکروز ناحیه ای از مری گشته که این امر نهایتا باعث آترزی مری می گردد.

آترزی یک مورد اورژانس درمانی می باشد.کودکان مبتلا به آترزی مری نمی توانند ترشحات بزاق خود را قورت داده و بنابراین ترشحات افزایش پیدا کرده و سرریز شده که می تواند منجر به آسپیره شدن  راه هوایی گردد.

در موارد آترزی  مری اگر نیاز به تزریق ماده حاجب باشد دقت شود که بیشتر از یک تا دو میلی لیتر در نوزادان استفاده نشود ، که اصطلاحا این گرافی pouchograme نامیده می شود.

برای بررسی ریفلاکس با باریم چنانچه نوزاد یا کودک از خوردن عامل کنتراست خود داری می کند می توان از طعم دهنده یا مواد افزودنی خوشمزه استفاده کرد و چنانچه این کار نیز نتیجه نداد از NGT استفاده می شود و بعد از خوراندن عامل کنتراست باید NGT  خارج گردد.